กองบังคับการตำรวจนครบาล 5 ก่อตั้งขึ้นครั้งแรกเมื่อวันที่ 25 เมษายน พ.ศ. 2540 ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมตำรวจ กระทรวงมหาดไทย พ.ศ.2539 แก้ไขเพิ่มเติมโดย พระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมตำรวจ กระทรวงมหาดไทย (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2540 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 114 ตอนที่ 9ก หน้า 4 เมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2540 ที่ให้แก้ไขเพิ่มเติมการแบ่งส่วนราชการ กรมตำรวจ กระทรวงมหาดไทย ในส่วนของกองบัญชาการตำรวจนครบาลเสียใหม่ เพื่อให้การปฏิบัติงานภายในเกิดความคล่องตัว มีประสิทธิภาพ และเหมาะสมกับสภาพของงานในปัจจุบัน โดยให้ยุบเลิก กองบังคับการตำรวจนครบาลพระนครเหนือ กองบังคับการตำรวจ นครบาลพระนครใต้ และกองบังคับการตำรวจนครบาลธนบุรี ในกองบัญชาการตำรวจนครบาล แล้วจัดตั้ง กองบังคับการตำรวจนครบาล 1 ถึง 9 ในกองบัญชาการตำรวจนครบาล ขึ้นมาแทน